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A Companhia das Docas do Estado da Bahia foi instituída em 17 de março de 1977, com a finalidade de administrar os portos de Salvador, Aratu-Candeias e Ilhéus. A Cia passou a integrar o novo modelo de gestão portuária, adotado em todo o país, a partir de 1976, por meio do Departamento Nacional de Portos e Vias Navegáveis (DNPVN) e da Empresa de Portos do Brasil S.A. (Portobrás).

Com mais de quatro décadas de trajetória, a CODEBA, hoje vinculada à Secretaria Nacional de Portos e Transportes Aquaviários da Presidência da República e ao Ministério da Infraestrutura, é responsável por conquistas históricas. A mais recente, em 2021, quando a registrou aumento de 15,92% na movimentação de cargas, em relação a 2020. O crescimento, de acordo com Anuário ANTAQ 2021, foi o segundo maior entre as Companhias Docas do Brasil.